Funzione Risk_Pneumonie

Calcola il rischio di mortalità per polmonite per ogni caso nell'input e aggiunge una colonna numerica con il risultato. (Indicatore corretto per il rischio - D1_15_M - 14_26). I coefficienti dei fattori di rischio presenti nel caso vengono sommati e la somma viene convertita nel punteggio di rischio.

Risk_Pneumonie(x)

Arguments

x

un tibble (vedere il formato del valore di ritorno di iqi.input)

Value

Rischio di mortalità per polmonite

Specificazione

rcoef <- RACoefficients %>% filter(Indic == 'D1_15') %>% select(-Indic) %>% deframe
logodds = rcoef['Intercept'] +
if_else(ageyears > 0, ageyears * rcoef['RF_alte'], 0) +
if_else(sex == '2', rcoef['RF_sex'], 0) +
if_else(any(sdx %in_table% R_ICD_hrs), rcoef['RF_hrs'], 0) +
if_else(any(sdx %in_table% R_ICD_hfa), rcoef['RF_hfa'], 0) +
if_else(any(sdx %in_table% R_ICD_khk), rcoef['RF_khk'], 0) +
if_else(any(sdx %in_table% R_ICD_hypt_orig), rcoef['RF_hypt'], 0) +
if_else(any(sdx %in_table% R_ICD_vit), rcoef['RF_vit'], 0) +
if_else(any(sdx %in_table% R_ICD_aex), rcoef['RF_aex'], 0) +
if_else(any(sdx %in_table% R_ICD_leb), rcoef['RF_leb'], 0) +
if_else(any(sdx %in_table% R_ICD_ren), rcoef['RF_ren'], 0) +
if_else(any(ddx %in_table% R_ICD_diab), rcoef['RF_diab'], 0) +
if_else(any(sdx %in_table% R_ICD_adi3), rcoef['RF_adi3'], 0) +
if_else(any(sdx %in_table% R_ICD_kex), rcoef['RF_kex'], 0) +
if_else(any(sdx %in_table% R_ICD_coa), rcoef['RF_coa'], 0) +
if_else(any(sdx %in_table% R_ICD_FSTR), rcoef['RF_fstr'], 0)
Risk_Pneumonie = exp(logodds)/(1 + exp(logodds))

Examples

if (FALSE)  iqi.input(path2file) %>% Risk_Pneumonie()  # \dontrun{}